Instituto mokslininkai kartu su užsienio partneriais 1999‑2012 metais dalyvavo Europos Komisijos Penktoje bendroje programoje (6 projektai), Europos Komisijos šeštoje bendroje programoje (8 projektai), Europos Komisijos septintoje bendroje programoje (7 projektai), Howard Hughes Medicinos instituto (6 projektai), NATO (3 projektas), Nacionalinio sveikatos instituto (2 projektai),  Wolksvagen Stiftung (3 projektai), Wellcome Trust (3 projektas) ir tuo būdu instituto iždą papildė daugiau nei 19,6 mln. litų. 2008-2011  vykdytias EEE projektas. Jo vertė 2 mln litų. Pažymėtina, jog laimėjęs Europos Komisijos Penktosios bendros programos projektą „Parama „naujai asocijuotoms šalims“ integruojantis į Europos mokslo erdvę“ 2002 m. Biotechnologijos institutas tapo ES pavyzdiniu mokslo centru, o 2008 m. SKVC   Biotechnologijos institutą pripažino Aukščiausio lygio mokslo tyrimų centru.

Įgytas žinias ir patyrimą instituto mokslininkai taiko bendradarbiaudami su  Lietuvos ūkio subjektais. 2000-2012 m. institutas buvo sudaręs 90 sutarčių su nebiudžetiniais ūkio subjektais ir atliko darbų už 2,4 mln. litų. Tuo pačiu laikotarpiu Instituto mokslininkai vykdė mokslinių tyrimo projektus, finansuojamus Lietuvos valstybinio mokslo ir studijų fondo (LVMSF), nuo 2010m. finansuojamus LMT. Šių projektų vertė 18,4 mln. Svarbu pažymėti, jog  greta mokslininkų grupių ar atskirų mokslininkų iniciatyva pateiktų mokslinių tyrimų projektų bei ūkio subjektų užsakymu vykdomų projektų buvo Aukštųjų technologijų plėtros programos, Pramoninės biotechnologijos projektai, Prioritetinių krypčių projektai.

Paskelbus ES Struktūrinių fondų Bendrojo Programavimo Dokumentą, Institutas dalyvavo konkursuose ir 2004‑2006 laimėjo projektus pagal 1.5 priemonę „Darbo rinkos, švietimo, profesinio mokymo, mokslo ir studijų, socialinių paslaugų infrastruktūros plėtra“ (2 projektai) ir 2.5 priemonę „Žmogiškųjų išteklių kokybės gerinimas mokslinių tyrimų ir inovacijų srityje“ (11 projektų) ir tuo būdu įsisavino 7,83 mln. Struktūrinių fondų lėšų.