Instituto mokslininkai kartu su užsienio partneriais 1999‑2010 metais dalyvavo Europos Komisijos Penktoje bendroje programoje (6 projektai), Europos Komisijos šeštoje bendroje programoje (8 projektai), Europos Komisijos septintoje bendroje programoje (5 projektai), Howard Hughes Medicinos instituto (6 projektai), NATO (3 projektas), Nacionalinio sveikatos instituto (2 projektai),  Wolksvagen Stiftung (3 projektai), Wellcome Trust (3 projektas) ir tuo būdu instituto iždą papildė daugiau nei 18 mln. litų. 2008 metais institutas pradėjo vykdyti EEE projektą. Jo vertė 2 mln litų. Pažymėtina, jog laimėjęs Europos Komisijos Penktosios bendros programos projektą „Parama „naujai asocijuotoms šalims“ integruojantis į Europos mokslo erdvę“ 2002 m. Biotechnologijos institutas tapo ES pavyzdiniu mokslo centru ir siekia tapti aukščiausio lygio mokslo centru www.skvc.lt/content.asp.

Įgytas žinias ir patyrimą instituto mokslininkai panaudoja padėdami spręsti Lietuvos ūkio subjektams kylančias problemas. 2000-2010 m. institutas buvo sudaręs 88 sutartis su nebiudžetiniais ūkio subjektais ir atliko darbų už 2 mln. litų. Tuo pačiu laikotarpiu Instituto mokslininkai vykdė mokslinių tyrimo projektus, finansuojamus Lietuvos valstybinio mokslo ir studijų fondo (LVMSF). Šių projektų vertė 14,4 mln. Svarbu pažymėti, jog LVMSF finansuojamų projektų tarpe greta mokslininkų grupių ar atskirų mokslininkų iniciatyva pateiktų mokslinių tyrimų projektų bei ūkio subjektų užsakymu vykdomų projektų yra Aukštųjų technologijų plėtros programos, Pramoninės biotechnologijos projektai, Prioritetinių krypčių projektai.

Paskelbus ES Struktūrinių fondų Bendrojo Programavimo Dokumentą, Institutas dalyvavo konkursuose ir 2004‑2006 laimėjo projektus pagal 1.5 priemonę „Darbo rinkos, švietimo, profesinio mokymo, mokslo ir studijų, socialinių paslaugų infrastruktūros plėtra“ (2 projektai) ir 2.5 priemonę „Žmogiškųjų išteklių kokybės gerinimas mokslinių tyrimų ir inovacijų srityje“ (11 projektų) ir tuo būdu įsisavino 7,83 mln. Struktūrinių fondų lėšų.