Baltymų fizikinė chemija

1. Biotermodinamika

1.1. Termodinamikos pagrindai

1.1.2. Ekstensyvūs ir intensyvūs kintamieji

1.1.3. Konversijos faktoriai tarp kalorijos ir džaulio

1.1.4. Dalinis diferencijavimas

1.1.5. Visuotinio diferencijavimo lygtis

1.1.6. Konversijos formulės

1.1.6.1. Pirmoji formulė

1.1.6.2. Antroji formulė

1.1.6.3. Trečioji formulė

1.1.6.4. Ketvirtoji formulė

1.1.6.5. Penktoji formulė

1.1.6.6. Tikslieji diferencialai

1.1.6.7. Pavyzdys nagrinėjant gravitacinį lauką

1.1.6.8. Bendrosios formulės

1.1.6.9. Grįžtamumo charakteristika

1.1.7. Termodinaminės savybės

1.1.7.1. Entalpija

1.1.7.2. Šiluminė talpa

1.1.7.3. Išvestinės lygtys

1.1.7.4. Entropija

1.1.7.5. Helmholco laisvoji energija

1.1.7.6. Gibso laisvoji energija

1.1.7.7. Masseu funkcija

1.1.7.8. Planko funkcija (Planck function)

1.1.7.9. Grįžtamumo taisyklė

1.1.7.10. Išvestiniai ryšiai tarp termodinaminių funkcijų (parametrų)

1.1.7.11. Suspaudžiamumas ir plėtimosi koeficientas

1.1.7.12. Ribos, kai temperatūra artėja prie absoliučiojo nulio

1.2. Mažųjų molekulių sąveikos termodinamika

1.2.2. Įvadas apie vandenį

1.2.3. Vandens fazių diagrama

1.2.4. Vandens struktūrinis modelis

1.2.5. Vandens anomalijos

1.2.5.1. Vandens fazių anomalijos

1.2.5.2. Vandens tankio anomalijos

1.2.5.3. Vandens medžiaginės anomalijos

1.2.5.4. Vandens termodinaminės anomalijos

1.2.5.5. Vandens fizikinės anomalijos

1.2.6. Cheminių junginių termodinaminės savybės

1.2.7. Faziniai virsmai ir sąveikos energija

1.3. Izoterminio titravimo kalorimetrija

1.3.2. Kalorimetrai

1.3.3. Eksperimento pradžia, duomenų apdorojimas

1.3.4. 1:1 stechiometrijos modelis

1.3.5. Kalorimetro kalibravimas ir tikrinimas

1.3.6. Stebimų termodinaminių parametrų interpretavimas

1.3.7. Protonizacijos reiškinių interpretavimas

1.3.8. Šiluminė talpa

1.3.9. Jungimosi konstantų nustatymo intervalo padidinimas

1.3.10. Titravimo kalorimetrijos metodo lyginimas su kitais metodais

1.3.11. IC₅₀ modelis

1.4. Baltymų denatūracijos termodinaminis modelis

1.5. Diferencinė žvalgos (skenavimo) kalorimetrija

1.5.2. DSC pagrindai

1.5.3. DSC kalorimetrai

1.5.4. DSC eksperimentas

1.5.5. DSC duomenų analizė

1.5.6. Pagrindinės linijos pasirinkimas

1.5.7. DSC duomenų analizė ir interpretavimas

1.5.8. DSC taikymas ligandų jungimuisi ir stabilumui tam tikromis sąlygomis nustatyti

1.6. Baltymų ir ligandų jungimosi ir stabilizavimo termodinaminis modelis

1.7. Terminio poslinkio metodas

1.7.1. Terminio poslinkio metodo teorija ir taikymas ligandų jungimosi konstantoms nustatyti

1.7.2. Terminio poslinkio metodo taikymas apibūdinant rekombinantinių baltymų stabilumą

2. Fluorescencija ir spektrofotometrija ir jų taikymas baltymų tyrimams

2.1. Fluorescencijos spektroskopija

2.1.1. Bendrosios savokos

2.1.2. Fluorescencijos gyvavimo periodai, kvantinė išeiga ir gesimas

2.1.3. Fluorescencijos anizotropija

2.1.4. Fluorescencijos rezonansinės energijos perdavimas

2.1.5. Nekintanti ir nuo laiko priklausoma fluorescencija

2.1.6. Biocheminiai fluoroforai ir indikatoriai

2.2. UV-VIS spektrofotometrija

2.2.1. Spektrofotometrijos praktiniai dėsningumai

2.3. Sugerties ir fluorescencijos ryšys su struktūra

2.3.1. Fluoroforų konstravimas

2.3.2. Solvatochromija

2.3.3. Fluorimetro kalibravimas norint apskaičiuoti fluorescencijos kvandinę išeigą

2.3.4. Anilino naftalino sulfonato fluorescencijos spektrai

2.3.5. ANS fluorescencija įvairiuose vandens-DMSO mišiniuose

2.3.6. Vidinio filtro reiškinys

3. Magnetinio branduolių rezonanso metodai

3.2. MBR principai

3.2.1. Branduolio kampinis momentas ir magnetinis momentas

3.2.2. Branduoliai statiniame magnetiniame lauke

3.2.3. Rezonanso sąlyga

3.2.4. Branduolio ekranavimas, cheminis poslinkis

3.2.5. Sukinių sąveika

3.3. Dvimačiai MBR spektrai

3.3.2. COSY ir TOCSY spektrai

3.3.3. HETCOR spektras

3.3.4. NOESY spektras

3.4. MBR naudojimas baltymo struktūrai ir dinamikai nustatyti

3.4.1. Polipeptidų MBR spektrai

3.4.2. Magnetinio rezonanso tomografijos pagrindai

3.4.3. MBR metodo santrauka

4. Rentgenostruktūrinė kristalografinė baltymų analizė

4.2. Kristalinė gardelė

4.3. Baltymų kristalų auginimas

4.4. Kristalų analizė ir duomenų rinkimas

4.4.1. Rentgeno spindulių kilmė ir panaudojimas

4.4.2. Kristalinės gardelės parinkimas

4.4.3. Kristalinių gardelių sistemos ir simetrija

4.4.4. Rentgeno spindulių difrakcija, Brego dėsnis

4.4.5. Duomenų rinkimas, skiriamoji geba

4.5. Baltymo struktūros sprendimas

4.5.2. Struktūriniai faktoriai: atspindžių banginis aprašymas

4.5.3. Elektroninio tankio žemėlapiai

4.5.4. Fazių nustatymas

4.5.5. Molekulinio modelio sudarymas ir tikslinimas

4.6. Rentgenostruktūrinės baltymų analizės naudojimas

4.6.1. Įvairūs baltymų struktūros vaizdavimo būdai

4.6.2. Naudojimasis baltymų duomenų baze

5. Naudota bei rekomenduojama literatūra

6. Angliškų terminų rodyklė

VERSIJA SPAUSDINIMUI

Daumantas Matulis

BALTYMŲ FIZIKINĖ CHEMIJA

MOKOMOJI KNYGA

KURKIME ATEITĮ DRAUGE!

PROJEKTAS "MAGISTRANTŪROS IR DOKTORANTŪROS
STUDIJŲ MODULIŲ KŪRIMAS IR
PROGRAMŲ ATNAUJINIMAS STRATEGINĖSE
BIOMOKSLŲ SRITYSE"

Baltymų fizikinė chemija

Daumantas Matulis

Apsvarstė ir rekomendavo Vilniaus Universiteto Chemijos fakulteto taryba
(2008 m. kovo 12 d., protokolas Nr. 55).

Recenzavo: prof. habil. dr. Arūnas Ramanavičius

Leidinį finansuoja Europos Sąjungos struktūrinių fondų paramos 2.5 priemonės projektas „Magistrantūros ir doktorantūros studijų modulių kūrimas ir programų atnaujinimas strateginėse moderniųjų bio-mokslų srityse“. Sutarties Nr. ESF/2004/2.5.0-03-430/BPD-199/ParS-12500-602, SFMIS Nr. BPD2004-ESF-2.5.0-03-05/0095). Projektą remia Lietuvos Respublika. Projektą iš dalies finansuoja Europos Sąjunga.

Mokomoji knyga skirta Vilniaus universiteto magistrantūros studijų programos „Biochemija“ (62104P101) studentams.

LEIDINYS PLATINAMAS NEMOKAMAI

© D. Matulis, 2008
© Vilniaus universitetas, 2008

ISBN 978-9955-25-428-7

kitas skyrius

© VILNIAUS UNIVERSITETAS, 2008